합성 질문입니다.

일반 디카로 어댑터 없이 직초점촬영으로 찍어낸 사진을 레지스탁스나 포토샵으로 합성하려는데요, 자꾸 얼라인 미스가 나서 합성하면 입체달이 되어버립니다.. 어댑터 없이 찍어서 사진이 똑같지 않고 약간씩 돌아가네요. Image Process란을 보고 공부하고 있는데 이 부분은 잘 모르겠습니다.
알려주세요~