다른 사이트에 답변 달면서 저도 새로 알게된 방법을 이곳에도 요약 정리합니다.

# 먼저 준비운동...
* mov, avi,mkv(주로 친숙한 합(불)법 동영상), TS(방송), PS(DVD) 등은 동영상을 담는 그릇(컨테이너)이구요.
* mpeg2니 mpeg4 이니, h.264, vc1 등은 동영상을 압축하는 알고리즘(코덱)입니다.

# 본론  
5D Mark II 동영상은 mov 컨테이너에 담긴 h.264로 인코딩한 동영상 입니다.

Registax에서 불러오기 위해서 팟인코더로 박성래씨 방식대로 했는데, 저도 안되더라구요.

아마도 registax가 DirectShow를 쓴다는거 봐서 DirectX 설치유무, 영화를 보기 위해 설치한 기타 다른 통합 코덱들이 영향을 미쳤을꺼 같은 예감만...

그래서 일본에서 HDV(가정용 HDCam)으로 행성하시는 분들이 많아서 일본쪽을 찾아 봤습니다.

http://www3.alpha-net.ne.jp/users/tsuyoshi/gazou_syori.htm

이 글 내용을 요약하면 다음과 같습니다.

1. VLC (http://www.videolan.org/vlc/download-windows.html )로 MPEG-2, PS 형식으로 변환 합니다.
- DVD 영화를 담는 PS 컨테이너에 압축률이 덜한 MPEG-2 알고리즘으로 인코딩해서 담는다는 얘기입니다.

2. VirtualDubMod (http://virtualdubmod.sourceforge.net/ )에서 비 압축 형식 AVI로 변환 한 후 registax에서 처리합니다.

# 결론
복잡하더라도 이방법을 추천합니다.
왜냐면 처음 방법은 Mark II가 h.264로 인코딩하면서 한번, 팟 인코더에서 vc1으로 다시 인코딩하면서 정보손실이 상당할꺼란 예상입니다.

참고로 VLC와 VirtualDubMod는 둘다 오픈소스 프로그램이므로 맘놓고 사용하셔도 됩니다.